查看可用资源与计算节点状态

在提交任务或者作业之前，务必检查一下各个节点的状态，例如资源是否充足，当前有多少在执行的任务等等．使用命令

pbsnodes -a

可以查看所有节点的状态，free 表示空闲．

提交任务

用户需要编写一个 PBS 脚本来完成作业提交的设置．PBS 脚本可以在本地编写完成后上传，也可以在服务器上编辑．注意脚本内容中不要包含中文字符，在 Windows 系统下编辑的时候，可以用 Notepad++，并另存为，将换行符设置为 Unix (LF) 模式．

编写 PBS 脚本

一个简单的 PBS 脚本的模板如下，注意这里的中文注释是方便大家理解，最后都要删掉的．

#!/bin/bash
#PBS -N <jobname>
### 在 X 个节点上申请 Y 个 CPU 核心
#PBS -l nodes=X:ppn=Y
### 可选值为 q1, q2, q3，根据用户所在的组别选择对应的队列
#PBS -q <队列名> 
### 合并标准错误输出和标准输出
#PBS -j oe 
### 切换路径
cd $PBS_O_WORKDIR
### 运行需要执行的脚本或者命令
#### matlab 脚本这样子运行
matlab -nodesktop -nodisplay -nosplash < <m 文件> > <matlab 输出日志文件>
### python 脚本可以这样子写
python <python 脚本文件名>

其中第一行是固定的，表示用 /bin/bash 来执行脚本．#PBS 开头的行用来设置 PBS 选项，比如使用的资源等等．每组只有 3 个节点，每个节点的最大 CPU 核心数量为 16，申请时不能超过最大值．在确定申请 CPU 核心数量之前，请先确定是否需要这些计算资源．如果程序本身的并行程度不高（由你的代码决定），申请过多的节点和 CPU 核心数量会造成资源的浪费，并且影响他人的使用．

建议申请的节点数为 1，且目前 MATLAB 不支持跨节点运行，CPU 核心数不超过 12．请在使用的时候估计自己任务的开销，适量申请计算资源，避免造成资源的浪费．

建议在 matlab 脚本的最后一行加上 exit 语句，确保脚本运行完毕之后退出 matlab．

PBS 脚本写好之后就可以使用 qsub 命令提交作业：

qsub example.pbs

提交作业会有输出，例如

42.mgmt.chess

其中 42 为本次作业的 Job ID，mgmt.chess 为提交作业的节点的主机名．

查看任务状态

提交作业之后，用户可以使用 qstat <Job ID> 查看任务状态，示例输出：

Job ID                    Name             User            Time Use S Queue
------------------------- ---------------- --------------- -------- - -----
145.mgmt                   example              test         36:58:58 R q2

其中，第一列是 Job ID，第二列是作业名称，第三列是提交的用户，第四列是作业运行时间，第五列是作业运行的状态（R: 运行中，C: 运行完成，Q：排队中）．

使用命令 qstat -nr <Job ID> 可以看到作业是在哪个节点上运行的，假设用户的作业在节点 “node01” 上运行，则可以登录到该节点．使用 ssh node01 登录到节点 “node01”．对于多进程作业，可以使用 top 看到具体开了多少个进程；对于多线程作业，请使用 top -H 查看．如果发现自己的作业没有使用到实际使用到申请的 CPU 核心数，说明该作业申请了过多的计算资源，造成了资源浪费．建议修改代码，提升并行计算能力，或者删除作业，适当减少 PBS 脚本中申请的计算资源，合理地利用资源．

删除作业

删除正在运行的作业可以使用 qdel <Job ID>，作业状态会转为已完成，已经完成的作业用户无法删除，系统会定期将已完成的任务清理出队列．